误区一：加硝化细菌没用
很多人说，成品硝化细菌没有用。空气中到处都是硝化细菌，干嘛还要人工添加？
确实，硝化细菌无处不在，空气中，土壤里。但我想问，酵母菌也无处不在，为什么我们蒸馒头还要添加酵母粉？我们开缸的时候，不添加任何硝化细菌，慢慢的硝化系统也可以建立，但需要相当长的时间。研究表明，自然开缸的硝化系统完全稳定需要4－6周时间，这么长的时间恐怕很少有人有这个耐心。我们往往养水养个一周就进鱼了，有的还一放就很多。此时硝化细菌还没有完全建立，由于有机物的激增，很容易造成鱼只的死亡。而在开缸时添加硝化细菌，这一过程就可以大大缩短。一般干粉的休眠硝化菌入水后3－5天可完全活化并发挥作用，也就是说，1周左右就可以建立完善的硝化系统了。同样是一周放鱼，添加硝化菌可让死鱼的风险大大降低。
目前硝化菌产品的良莠不齐也是造成很多人认为硝化菌无用的原因之一。高质量的硝化菌需要定向培养并提纯制剂，需要较为专业的设备和制作成本。市售几元一瓶的所谓“硝化菌”，大家可以算笔帐，扣除包装的成本，以及留给经销商的利润，剩下的还有多少是原料的成本，这么低的成本怎么可能制作出有效的硝化菌制剂？特别是液态菌，很多都是伪劣的培养液（也就是大家俗称的“臭水”），里面根本没有硝化菌。即使真正的液态硝化菌，如果不采用特殊工艺，常温最多也只能保存3个月；干粉硝化菌制作工艺就更复杂，如冻干粉技术，需要将菌液在低温下冷冻，使细菌快速进入休眠状态，然后在真空中使水份挥发掉，生产过程需要成套的制剂设备，成本较高。而市售的一些廉价的所谓 “干粉”，其实是菌液与麦麸、石灰石等混和再干燥而成，微生物保存效果远不如冷冻干燥（冻干粉）技术，但制作简单，成本低廉，一般用于用量较大的水产养殖业，而很多廉价的干粉硝化菌原料就是用的这种鱼塘用品。这种干粉含菌量底，活性差，杂菌多，入水后有较多漂浮物，不适合水族箱使用。
正是由于目前水族用硝化菌市场的混乱，而厂家又天花乱坠的宣传，比如每毫升含菌多少亿，超浓缩，强力分解各种粪便（这根本不是硝化细菌的作用）等等，再以低廉的价格倾销，让很多新手摸不清头脑，用了没效果，进而认为硝化菌无用。硝化菌是生物制剂，本身生产成本就高，再加上包装，以及销售环节，卖给消费者的价格是不可能很便宜的，那些低价的产品，是什么大家应该有数吧。贵的不一定好用，但太便宜的一定不好用！
误区二、硝化细菌只有开缸的时候才用
硝化菌不仅仅在开缸的时候添加，在日常的水质维护中，也应定期添加硝化菌。因为水族箱水体较小，无法象大自然那样通过强大的生物系统内部自我调节并保持稳定，水族箱的硝化系统比较脆弱，很可能因为一些微小变化造成巨大的影响。如果有机物的代谢出现波动，比偶尔喂食量变大，或者突然增加了几条鱼，都会造成水中氨、亚硝酸盐等的波动，如果这个波动超出了硝化系统的承受能力范围，就会发生水质急剧恶化，水质有毒物质浓度急剧上升，进而细菌大量死亡，这进一步削弱了硝化系统的能力，如此恶性循环造成硝化系统崩溃。我们经常会遇到有时突然缸里的水变得雾蒙蒙的，发白发浑，腥味变重，这都是微生物大量死亡造成的。定期添加硝化菌，有助于帮助维护硝化系统的稳定，防止“一夜暴毙”等惨剧的发生。由于休眠硝化菌的活化需3－5天，因此不能等水质恶化时才加，建议定期添加，根据具体情况每1－2周添加一次即可。这样水中总保持有足够的硝化细菌，一旦滤材中的硝化菌减少或水质发生恶化，就可迅速补充并“投入战斗”。如果水质正常，多添加的硝化菌也不会造成任何问题。此外，在缸内使用杀菌类药物也会造成硝化细菌的大量死亡，施药一定时间后也需要及时补充硝化细菌。因此我建议日常应定期添加硝化细菌。
这里还有个误区，就是一般建议换水后添加硝化细菌，有人将原因理解为换水后会损失一部分硝化细菌，所以必须添加，这个是理解错误。大部分硝化菌是附着在滤材上生长繁殖，换水对硝化系统的影响不大，之所以建议在换水后添加，是因为我们添加的硝化菌在水中处于游离状态，还需要一定时间才能附着在滤材上，如果添加后不久就换水，会把添加的硝化细菌换走，因此在换水以后添加比较好，这样在下次换水之前，新添加的硝化菌已经可以附着在滤材上了。
误区三、开缸放入硝化细菌，就可以进鱼了
新开的缸是一缸清水，里面没有任何供硝化细菌生长的“食物”。此时添加硝化细菌，硝化菌无法活化甚至会由于缺少食物来源而死亡。正确的做法是先放些闯缸小鱼，或少量饲料等有机物，人为的制造些“污染”，然后再加入硝化细菌。等硝化细菌开始生长繁殖，硝化系统充分发挥作用后，才可以正式进鱼。
误区四、硝化细菌可以分解粪便
目前很多硝化菌产品的宣传吹得神乎其神，说可以迅速分解粪便杂物，好像加了硝化菌，缸里的一切污物都可以吃光光。其实，硝化细菌真正分解的是无色的氨及亚硝酸盐，而粪便污物残饵等这些“可见”的有机物其实是由大量异营细菌来分解的，它们分解产生的氨和亚硝酸盐才是硝化菌的食物。所以广告里说的硝化细菌分解粪便之类的是虚假宣传。
所以，如果因为粪便杂质等造成缸内物理浑浊，应该做的是加强物理过滤（如增大泵的流量、适当造流、加厚滤棉等），或使用水质清澈剂，而不应该盲目的添加硝化细菌。
误区五、硝化细菌怕光
很多人听说硝化细菌怕光，添加硝化细菌后直接关灯，甚至把滤盒都帖上黑纸。其实光照对硝化细菌确实有一定的影响，但硝化菌绝对不是见光死，在有光照的地方一样能够很好的生长繁殖。硝化细菌主要是对近紫外波段很敏感，而水族箱中的照明灯具均为玻璃灯罩，虽有紫外线产生，但绝大多数被阻隔，因此对硝化细菌影响不大，而且滤材中的光线并不是很强。需要注意的是，如果使用紫外杀菌灯（UV灯），由于其使用石英玻璃，紫外线可以穿透从而起到杀菌作用，因此在添加硝化细菌一周内，硝化细菌尚未完全附着在滤材上的情况下不要使用UV灯。
误区六：硝化细菌在淡水、海水缸中可以通用
很多硝化细菌标榜是“淡海水通用”，这个是不严谨的。淡水和海水在PH、硬度、导电度、密度和比重等都有很大的差异，所以虽然都有进行硝化作用的菌群存在，但其菌群的组成是不太一样的。部分菌种可同时存在于淡、海水中，部分菌种只有海水中才有。淡水硝化细菌制剂放到海水里并不能说毫无作用，但从生产工艺上讲，淡水硝化细菌制剂必须基于淡水硝化菌的培养液制作而成，海水硝化细菌制剂必须用海水硝化细菌培养液制作而成，二者生产工艺不同，所谓“淡海水通用”只是厂家的促销手段，里面装的一般都是淡水型硝化菌。玩海缸的朋友在选购硝化细菌时建议选购海水专用的硝化细菌（当然前提是厂家生产的确实是海水型硝化菌，而不是用淡水硝化菌冒充海水型。因为现在市面有的产品用相同的菌粉，不但搞出淡水、海水型，还有鹦鹉、龙鱼、罗汉等专用型，貌似专业其实卖的都是同样的东西，只是包装不同而已）。
误区七：是药三分毒，不到万不得已不加硝化菌
一些鱼友买硝化菌是为了“有备无患”，平时不用，万一哪天水出了问题就加一粒。他们认为“是药三分毒”，长期添加硝化细菌会在缸中积累各种有毒物质。
关于这个说法，首先，硝化细菌不是解药，它只是用来辅助提高和保持硝化系统功效，特别是干粉式的休眠菌，需要一定时间活化后才能发挥作用，因此平时不定期维护，水质急剧恶化时再添加硝化细菌，不一定能起到很好的效果。其次，硝化细菌也不是“药”，因为它不是化学药品，是生物制剂，主要成份是休眠菌粉，所以没有任何毒性，多加了也不会积累有毒物质或造成某种化学物质超标。
所以，不要把硝化细菌看成什么神奇的东西，应该把它作为一种日常水质维护药剂来看待和试用。
误区八：光合细菌比硝化细菌的效果好
最近光合细菌、EM菌等比较流行，商家的宣传中也声称光合细菌除了分解粪便污物，还可以完成硝化细菌的工作，降低氨、亚硝酸盐含量。所以加了光合细菌，就不必再添加硝化细菌了。
首先这个说法本身没错。光合细菌是以光为能源，在低氧条件下工作的菌群，利用光合作用分解有机物、氨、硫等物质，也能进行反硝化作用去除氨。从功能上看，光合细菌不仅能够完成硝化细菌的去氨功能，还能完成其他异营细菌的功能，真可谓多面手，确实可以取代硝化细菌的作用。但是光合细菌到底是否适合水族箱使用呢？
问题就是这个光照+低氧的环境，水族箱中很难存在。水族箱中最有可能的低氧区，就是厚厚的底砂底部，但这里又缺少光照，光合细菌无法进行光合作用。因此，水族箱里是不适合光合细菌生存的。
实际上，光合细菌应用最广的是水产养殖业，用来“改底”。鱼塘、虾塘和水族箱不同，由于高密度饲养，大量投放饲料，塘低会堆积很多排泄物和有机物，而鱼塘又不象水族箱那样可以经常换水、清理沉积物，所以鱼塘的塘底就会由于有机物的大量堆积分解造成一个低氧区，存在各种有害的硫化物等物质，危害鱼虾的健康。而这个低氧区是有可见光的，正适合光合细菌的生长。在鱼塘中投放光合细菌，有利于改善塘底的水质，减少有害物质的堆积。
因此，光合细菌虽然功能强大，但并不适合观赏鱼的水族箱使用，所以水族箱使用硝化细菌更合理。还有人说光合细菌里含有硝化细菌，这个说法也是错误的。光合细菌可以实现去氨的功能，但它和硝化细菌完全是两类细菌，工作原理全不同，而且生长环境要求相反，在同一环境下，光合细菌和硝化细菌也不可能共存，甚至互相抑制。
误区九：关闭过滤硝化细菌会死亡
硝化细菌是好氧菌，特别是工作的时候需要消耗大量的氧气。所以我们建议过滤系统要24小时不间断的开着，以提供充足的氧气供硝化系统工作。硝化细菌不产生孢子，在很低氧的环境中也能存活，对氧气的需求量远远低于异营细菌，所以即使关掉过滤，一般也没有事。特别是开放式过滤系统，如滴流过滤、溢流过滤等，由于与空气有接触，即使停掉过滤，硝化菌仍然能够正常生长；但对于封闭式过滤系统就危险得多，如滤桶，如果停止工作，由于与空气不接触，内部的氧气会因为好氧异营细菌的大量繁殖而耗尽，而需氧量大的异营细菌首先死亡，水质恶化，由于硝化系统几近休眠，因此毒素的积累最终也会导致硝化细菌的大量死亡，因此滤桶如果停止时间过长，会对内部的硝化系统造成巨大的影响。
此外，过滤系统一定要稳定运行。一些鱼友为了省电，或者不喜欢过滤的噪音，喜欢晚上把过滤关掉，早上再打开，这样做是错误的。白天由于过滤的循环，水中溶氧量较高，异营菌、硝化菌均大量繁殖，晚上停掉过滤，溶氧量降低，需氧量高的异营菌会大量死亡，败坏水质。所以经常早上水变得白蒙蒙的。如此水质时好时坏，就像天气忽冷忽热一样，并不利于鱼只的健康。因此稳定的过滤就会带来稳定的水质，一定要不间断运行。